Структура картины чрезвычайно сложна. Действие фильма начинается в настоящем времени: Кети, украшая торт кремовыми церквушками, узнает о смерти Аравидзе. Когда она рассматривает в газете его фотографии, камера уходит в ее внутренний мир, где Кети наблюдает за похоронами Аравидзе, затем — ночью — извлекает из-под земли его труп и переживает свой арест. Причины ее поступка объясняются во время судебного процесса, который и ведет к конфликту между Абелем и Торнике. Когда Абель бросает труп Аравидзе в обрыв, отказав ему в вечном покое, камера возвращается к Кети, умиленно склонившейся над тортом. Круг кадра обращен в будущее, где ничего не случится и где не будет выхода из прошлого, о котором будет сказано во втором круге и обратном кадре. В действительности же неоднократного извлечения из могилы усопшего не было. Варлам в покое. Торнике не мучает совесть за семейные грехи. Никто не каятся. Кети не мстит. Царит прощение. Готовится торт.
«Каждая дорога ведет к церкви, к Богу, и он — последний судья». — говорит старуха. Этой христианской идеей завершается фильм. Молчание и пассивность Кети отрицаются и подтверждаются одновременно. Месть находит прибежище в страхе.
Второй круг описывает прошлое. Кети делит это прошлое с сидящими в зале суда. Обратные кадры — ее детство, родители, их арест (по указу Варлама) — в двойном отдалении воображаемого повествования. Здесь она — пассивная жертва.
В этих обратных кадрах воспоминаний о прошлом — часть общей истории, известной каждому в зале. Аресты, очереди в пунктах приема посылок, ожидание новостей, разыскивание родного почерка на срубах лесов. Эта часть коллективной памяти о прошлом вполне узнаваема русским зрителем. Однако воображаемые действия Кети сами по себе уникальны. Там происходит признание Абеля священнику, который укрывает от него в своем подвале живописные полотна Сандро, отца маленькой Кети.
Это только там Абель смотрит на себя в зеркало и видит два лица. Он разбивает зеркало, а за ним сидит Варлам. Варлам — представитель Бога. Зеркало скрывает истину и отражает раздвоенное состояние Абеля.
«Покаяние» — картина вне времени, без жесткого указания на тридцатые годы. Образ Варлама Аравидзе объединяет в себе чаплинского «Диктатора», Муcсолини, Гитлера, Сталина и Берии. Действующие лица перекрывают три поколения: Аравидзе — отец, Абель — сын и Торнике — сын Абеля. У Абеля, как у народа, нет матери.
У народа, как и у Абеля, есть Сталин.
Кети Баратели не имеет связи с прошлым: ее родители — Нино и художник Сандро погибли по прихоти Варлама Аравидзе. У нее, никогда не имеющей детей, нет и будущего. Абель же имеет сына, который лишит себя жизни. Будущего нет ни для жертв, ни для угнетателей. Ни в настоящем, ни в будущем. В этом кроется глубокий пессимизм картины «Покаяние».
Юстиция, охраняющая систему, не оберегает невиновного Сандро. А в процессе Кети судья открыто играет с кубиком Рубика. Если неверно работает система, то человеку любая мера ответственности велика. На этом фоне звучит объяснение Абеля: Варлам ничего дурного не сделал — время было такое. Торнике отрицает такой взгляд. Он просит прощения у Кети, берет на себя вину своих предков — и, взяв на себя последний грех, лишает себя жизни.